Muguerza se dedicó a la docencia universitaria. Fue discípulo de López Aranguren. En 1990 fundó la revista Isegoría de Filosofía Moral y Política. Fundamentalmente desarrolló sus reflexiones en el ámbito de las cuestiones morales. Estaba de acuerdo con los planteamientos kantianos, aunque los comentó y propuso modificaciones de los mismos. Entre sus libros destacan: La concepción analítica de la filosofía de 1974, La razón sin esperanza de 1977 y Desde la perplejidad de 1990 en la que aparecen tratados los temas principales de su filosofía con unas conclusiones que no cambiarán sustancialmente hasta su fallecimiento.

Sus artículos son también brillantes. Sus escritos inéditos esperemos que sean prontamente publicados para conocer más reflexiones y análisis de su pluma. Dejó sus conocimientos e impronta en las universidades de La Laguna de Tenerife y en la Autónoma de Barcelona. También se ha notado la profunda influencia de sus enseñanzas en la Facultad de Filosofía de la UNED de Madrid de la que ha sido catedrático de Ética hasta su jubilación.

Ante la duda y la perplejidad, según Muguerza, la reflexión filosófica es más necesaria que nunca. Sustituye el concepto de naturaleza humana por el de condición humana que es objetivo y no posee matices metafísicos que puedan producir interpretaciones sesgadas o no suficientemente precisas, según sus planteamientos filosóficos.

No acepta el derecho natural. Expone su pensamiento dialogando. Se expresa con un estilo elegante y con gran claridad. Está convencido de que es necesario luchar contra el mal. Escribe Muguerza que «lo que hay que hacer en nuestros días no es renunciar a la razón, sino sólo a escribirla con mayúscula». En relación con la cuestión del nacionalismo político, ya en el año 2006 dice claramente que ve posible una especie de confederación de pueblos ibéricos que incluya a Portugal. No le parece mal. Al contrario la ve como una vía a explorar, en cualquier caso. Sería una manera de calmar las aspiraciones de los secesionismos.

El individualismo ético de Javier Muguerza reelabora la segunda formulación del imperativo categórico kantiano. Lo correcto es tratar a las personas no como medios sino como fines. Con el inequívoco propósito de mantener la dignidad de las personas. Lo que no significa según sus palabras que esto sea lo mismo que la afirmación de un imposible solipsismo ético.

En Desde la perplejidad no está de acuerdo con la concepción del consenso colectivo de Habermas. Ya que considera que también es decisivo tener en cuenta la capacidad de disenso de los individuos, porque las minorías y las discrepancias deben tener un espacio mayor en la ética discursiva o dialógica.

Muguerza defiende con pasión la racionalidad de la ética. También el catedrático de Filosofía Vicente Ramos Centeno apoyando o reafirmando este planteamiento escribe: «Y hoy la filosofía sigue teniendo tareas importantísimas de defensa de la razón». Además, Muguerza también insiste en que es inaceptable la irracionalidad de los fines en el campo de los comportamientos o conductas. Por tanto, instrumentalizar los fines o caer en el relativismo de los valores éticos es algo que tiene consecuencias negativas desde una perspectiva individual y social.

Considera el filósofo malagueño que no es tan grande la diferencia entre hechos y valores, aunque no acepta la falacia naturalista. En efecto, estoy convencido de que es posible conjugar los valores éticos en una ética aplicada responsablemente en la realidad cotidiana. En este sentido, Muguerza se opone a una interpretación de la Filosofía como reflexiones teóricas de gabinete estando el filósofo en una especie de torre de marfil de pura especulación abstracta.

La filosofía está inmersa en el mundo. Se puede afirmar que es mundana. Está de lleno en los debates ciudadanos de una manera intensa y a la vez llena de fuerza. Es la pasión vital por cambiar a mejor la situación de los sujetos y también por cambiar la sociedad en busca continuar del bienestar de todos y la comprensión universal y particular de los problemas humanos en todas sus dimensiones. También en política.

Dice Muguerza que: «La filosofía es siempre, por lo tanto, una guía de perplejos. Y con harta frecuencia le pedimos que nos “saque” de la perplejidad». En efecto, Maimónides, muchos siglos antes, puso de manifiesto este tipo de planteamientos. También Ortega y Gasset habla de la constante perplejidad de la vida humana.